Специальная аудиторская проверка представляет собой разновидность инициативного аудита и осуществляется по специальному заданию. Необходимость такой проверки предприятия может возникнуть перед сдачей отчетности или расчетом с налоговой или иными государственными органами, а также тогда, когда руководство компании сомневается в правдивости сведений и информации.

Целью специального аудита может быть как подтверждение законности совершенных хозяйственных операций, корректности исчисления налогов и составления налоговых деклараций, так и проверка правильности организации производства, эффективности методов управления и др.

Перед началом проверки в обязательном порядке составляют план специального аудита, в котором обязательно указывают масштабы и объемы предстоящей аудиторской проверки.

Специальный аудит может заключаться в проведении:

- Налогового аудита, направленного на независимое детальное исследование бухгалтерского и налогового учета предприятия. Данный вид аудита направлен на то, чтобы защитить аудируемую организацию от различных налоговых проблем, а также на оценку потенциальных налоговых рисков. Основными целями и задачами налогового аудита являются проверка налоговых обязательств организации, оптимизация налогообложения и его планирование, диагностика существующих проблем налогообложения, анализ способа определения налоговых платежей и применения налоговых льгот.

- Ревизионного аудита — разновидности специального аудита, направленной на оценку эффективности действующих бизнес-процессов. Во время проведения ревизионного аудита тщательно изучается и анализируется производительность и эффективность аудируемого предприятия.

- Проблемного аудита — во время данной аудиторской проверки осуществляется исследование финансовой и хозяйственной деятельности предприятия на фоне происходящих изменений.

- Юридического аудита — разновидности специального аудита, направленной на оценку учредительных документов, разнообразной внутренней документации, работу органов управления, и наличия имущественных рисков, а также выполнения требований законодательства, законности базовых договоров клиента и текущих конфликтов.

- Аудита затрат, целью которого является установление обоснованности формирования и правильности учета издержек и т.д.

Проведение данного вида аудита производится только на основе инициативы руководителей компании или же её совета директоров, а также акционеров. Специальный аудит проводится для решения насущных задач, поскольку позволяет определить реальное состояние всех дел на предприятии, вследствие чего, можно принять правильные стратегические решения.