Микробиологическое воздействие на пласт заключается во внутрипластовом биосинтезе углекислоты и промежуточных продуктов, обладающих нефтевытесняющими свойствами (биологические поверхностно-активные вещества, полисахариды, органические кислоты, спирты, альдегиды). Продукты биосинтеза микроорганизмов понижают вязкость нефти, уменьшают межфазное натяжение на границе раздела сред нефть/порода и нефть/вода, а также могут помочь восстановлению проницаемости вследствие удаления парафина и закупоривающих масс у входа в пористые зоны. Суммарное воздействие приводит к тому, что ранее неподвижная и неизвлекаемая нефть становится подвижной и выносится к продуктивным скважинам, что приводит к увеличению добычи.

Различают мелассную технологию и технологию активации пластовой микрофлоры.

Среди преимуществ использования микробиологических методов повышения нефтеотдачи можно выделить: низкие затраты на проведение обработки, экологическая безопасность и высокая технологическая эффективность.

В пластовых условиях продукты биосинтеза бактерий позволяют увеличить подвижность нефти за счет снижения ее вязкости и снижения межфазного натяжения на границе раздела сред, что улучшает отделение нефти от породы пласта. Также органические кислоты и углекислота, выделяемые микроорганизмами, способствуют изменению фильтрационно-ёмкостных свойств нефтеносного коллектора.